Le cronache raccontano che la chiesa primitiva, eretta nella prima metà del XIII secolo da frati francescani, fu elevata alla dignità di basilica minore da papa Onorio III, il pontefice che già aveva approvato la regola di san Francesco nel 1223. La chiesa ebbe anche il privilegio di una Porta Santa, la cui apertura avviene solennemente ogni sette anni. Poco rimane della chiesa originaria, più volte rifatta.
Sappiamo che doveva essere circondata da cumbessias, alloggi e loggiati destinati ad accogliere i pellegrini. Sappiamo che la popolazione del luogo era scarsa e l’insediamento sparso negli stazzi, gli ovili disseminati sul territorio. Il paese stesso di Luogosanto fu abbandonato, come altri paesi della Gallura, tra il XIV e il XV secolo, a causa di ripetute carestie ed epidemie. Anche i frati, che avevano continuato a risiedere nel convento annesso alla chiesa, intorno al 1450 furono trasferiti a Fonni. La chiesa si presenta oggi con una semplice facciata a capanna, in blocchi di granito, come la maggior parte degli edifici galluresi.
L’interno è recente, a tre navate: a sinistra, un dipinto murale ritrae i due anacoreti, san Trano e san Nicolao, esempio di vita di preghiera e povertà per i primi francescani. La Madonna lignea sull’altare maggiore è oggetto di intensa devozione popolare dal 1954, quando fu incoronata Regina della Gallura.
Piazza Basilica 1, tel. 079.65.20.94.